مجتبی موسوی، برادر مهدی موسوی، سرتیم حفاظت از ابراهیم رئیسی، رییس دولت سیزدهم جمهوری اسلامی که همراه او در سقوط بالگرد کشته شد، در مصاحبه‌ای گفت که برادرش «به صورت مکتوب» اعلام کرده بوده با سفر رییس‌جمهوری به منطقه مرزی با جمهوری آذربایجان مخالف است.
او در مصاحبه‌ای که جمعه ۲۸ دی مورد توجه رسانه‌های داخلی قرار گرفت، گفت که برادرش یک روز قبل از سفر، حدود نیم ساعت با غلامحسین اسماعیلی، رییس دفتر رئیسی، صحبت کرده تا بتواند سفر را لغو کند اما موفق نشده است.
موسوی تاکید کرد که برادرش به صورت مکتوب اعلام کرده است سپاه حفاظت با این سفر مخالف است اما همراهی می‌کند.
بر اساس این روایت، سرتیم حفاظت رئیسی گفته است اسرائیل در خاک جمهوری آذربایجان پایگاه دارد و نقطه صفر مرزی و ناامن است.
او در مصاحبه با «شبکه خبری ایران ۲۴» گفت که قرار بوده رئیسی به زاهدان سفر کند اما این تصمیم تغییر یافته و او به مرز با جمهوری آذربایجان سفر کرده است.
موسوی گفت که «به دلیل ناگهانی بودن سفر»، تیم حفاظت امکان بررسی وضعیت این منطقه را نداشته است.
فرضیه نقش اسرائیل در مرگ رئيسی
پیش از این، برخی مقام‌های جمهوری اسلامی فرضیه نقش داشتن اسرائیل و آمریکا در سقوط بالگرد رئیسی را مطرح کرده‌اند. از جمله کامران غضنفری، نماینده تهران در مجلس، گزارش مقامات جمهوری اسلامی درباره سقوط بالگرد رییس‌جمهوری «به دلیل توده ابر متراکم» را «خنده‌دار» خواند و گفت آنان مصلحت نمی‌دانند اعلام کنند اسرائیل و آمریکا با همکاری جمهوری آذربایجان، رئیسی را کشتند.
آمریکا و اسرائیل نقش داشتن در سقوط بالگرد رئیسی را تکذیب کرده‌اند.
فرضیه ارتباط مرگ رئیسی با مساله جانشینی خامنه‌ای
از سوی دیگر، گمانه‌زنی‌هایی درباره مرتبط بودن کشته شدن رئیسی با موضوع جانشینی رهبر جمهوری اسلامی مطرح شده است.
مهدی نصیری، مدیر مسئول پیشین روزنامه کیهان، گفته است در آخرین جلسه مجلس خبرگان قبلی، موضوع جانشینی مجتبی خامنه‌ای به جای پدرش، علی خامنه‌ای، مطرح شده و رئیسی و احمد خاتمی به آن واکنش نشان داده‌اند.
به گفته نصیری، فضای مجلس خبرگان متشنج و جلسه تعطیل شده و دو روز قبل از افتتاح مجلس جدید، حادثه بالگرد رئیسی رخ داد و بعد هم احمد خاتمی از هیات رییسه مجلس جدید خبرگان رهبری حذف شد.
موسوی در مصاحبه خود گفت که ابتدا قرار بوده مهرداد بذرپاش، وزیر راه و شهرسازی دولت سیزدهم و یک محافظ رئیسی نیز با این بالگرد پرواز کنند اما آنان پیاده شدند و حسین امیرعبداللهیان، وزیر وقت امور خارجه، سوار بالگرد شده است.
او تاکید کرد نهادهای مسئول به خانواده کشته‌شدگان در این پرواز گزارشی ارائه نکرده‌اند.
خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، چهارشنبه ۳۱ مرداد نوشت در حادثه سقوط بالگرد رئیسی و همراهانش، دو مورد از «پروتکل‌های لازم برای تشریفات و امنیت رییس‌جمهوری» رعایت نشده بود اما ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی به عنوان نهاد مسئول رسیدگی به پرونده سقوط بالگرد رئیسی، این موضوع را تکذیب کرد.
این ستاد ۹ خرداد در گزارشی اعلام کرد «ظرفیت مجاز بالگرد» رعایت شده بود.