محمود نیلی احمدآبادی، عضو هیات امنا و رییس پیشین دانشگاه تهران، ضمن انتقاد از دخالت شورای عالی انقلاب فرهنگی در امور دانشگاه‌ها گفت که معتقد است حتی خود وزارت علوم نیز باید بسیاری از اختیاراتش را به دانشگاه‌های بزرگ واگذار کند.
پیش از این و در ۲۶ آبان، مصطفی رستمی، رییس «نهاد رهبری در دانشگاه‌ها» در گفت‌وگو با خبرگزاری دانشجو، اعلام کرد شورای عالی انقلاب فرهنگی، هیچ دخالتی در انتصاب‌های دانشگاهی ندارد.
اظهارات او کمی پس از انتصاب سرپرست دانشگاه هنر از سوی حسین سیمایی صراف، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری منتشر شد.
سیمایی صراف، بهشید حسینی را به این سمت منصوب کرد؛ انتصابی که با مخالفت اصولگرایان -جناح رقیب مسعود پزشکیان- روبه‌رو شد و بابت همین انتصاب، وزیر علوم دولت پزشکیان، تهدید به استیضاح نیز شد.
این تهدید به استیضاح در شرایطی انجام شد که پزشکیان در انتخابات زودهنگام ریاست جمهوری سال ۱۴۰۳، وعده بازگرداندن استقلال به دانشگاه‌ها و بازگشت اساتید و دانشجویان اخراجی را داده بود.
او در مراسم معارفه وزیر علوم خود نیز باز تاکید کرد که اساتید اخراجی باید به دانشگاه‌ها بازگردند.
۱۷ مهر ۱۴۰۳، پزشکیان که ریاست حقوقی شورای عالی انقلاب فرهنگی را به عنوان رییس‌جمهوری در اختیار دارد، در جلسه این شورا گفت که ورود شورای عالی انقلاب فرهنگی به موضوعاتی همچون تعیین سقف درباره ظرفیت و نحوه پذیرش دانشجو و تعداد و سن اعضای هیات علمی، در مجموعه وظایف آن نیست.
شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۶۳ تاسیس شد و اعضای حقیقی آن از سوی رهبر جمهوری اسلامی تعیین می‌شوند. مصوبات این شورا مانند مصوبات مجلس شورای اسلامی لازم‌الاجرا است.
علاوه بر این، علی خامنه‌ای از طریق مصوبه سال ۱۳۷۲ شورای عالی انقلاب فرهنگی، با ایجاد نهادی به نام «نمایندگی رهبری در دانشگاه‌ها» عملا در کنترل دانشگاه‌ها نقش دارد.
در بسیاری از دانشگاه‌ها این نهاد محلی برای حمایت از نیروهای تندروی دانشجو است که با نظرات رهبر جمهوری اسلامی همسو هستند.