۲۴ ساعت پس از تحلیف دونالد ترامپ، احمدرضا پورخاقان، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح گفت رهبر جمهوری اسلامی اجازه ساخت سلاح هسته‌ای را به نیروهای مسلح نمی‌دهد. پیش از انتخابات آمریکا، ۳۹ نماینده مجلس، در نامه‌ای خواستار ساخت سلاح هسته‌ای شده بودند.
پورخاقان، در مراسم گرامیداشت سالروز تصویب کنوانسیون‌های چهارگانه ژنو، با اشاره به مخالفت روح‌الله خمینی با به کار بردن سلاح شیمیایی در جنگ ایران و عراق گفت: «بر اساس همین دکترین هست که مقام معظم رهبری اجازه ساخت سلاح هسته‌ای را به نیروهای مسلح جمهوری اسلامی نمی‌دهند؛ چرا که سلاح هسته‌ای سلاحی است ویرانگر که علیه بشریت استفاده می‌شود و نباید به هیچ وجه از آن استفاده کرد.»
از ابتدای سال ۱۴۰۳ و در پی تشدید درگیری نظامی مستقیم جمهوری اسلامی و اسرائیل که در نتیجه آن دو کشور به خاک هم حمله نظامی کردند، برخی از مقامات خواستار ساخت سلاح هسته‌ای شدند.
۲۰ اردیبهشت ۱۴۰۳، کمال خرازی، مشاور امور بین‌الملل رهبر جمهوری اسلامی، با اشاره به احتمال حمله نظامی اسرائیل به تاسیسات اتمی در ایران اعلام کرد در صورت تهدید موجودیت جمهوری اسلامی، حکومت ایران دکترین هسته‌ای خود را تغییر خواهد داد.
او همین موضوع را ۲۲ اردیبهشت نیز در جریان سخنرانی در همایش گفت‌وگوهای ایرانی-عربی در تهران تکرار کرد.
روز چهارشنبه، ۱۸ مهر۱۴۰۳، رسانه‌های داخلی خبر دادند ۳۹ نماینده مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای خواستار تغییر فتوای خامنه‌ای درباره ممنوعیت سلاح هسته‌ای شدند.
کاربرد فتوای خامنه‌ای در مذاکرات هسته‌ای
فتوا در ادبیات شیعی به معنای حکم شرعی است که «فقیه» آن را بر اساس آموزه‌های دینی و شرایط زمانی و مکانی بیان می‌کند و عمل به آن برای پیروان او لازم و واجب است.
ماجرای فتوای خامنه‌ای به سال ۱۳۸۲ بر می‌گردد. در متن آن فتوا آمده است علاوه بر سلاح هسته‌ای سایر سلاح‌های کشتار جمعی تهدیدی علیه بشریت است و ما (جمهوری اسلامی) کاربرد این سلاح‌ها را «حرام می‌دانیم».
این فتوا سال ۱۳۸۹ زمانی که مناقشه جمهوری اسلامی و غرب بر سر برنامه هسته‌ای ایران به اوج خود رسیده بود، مورد استقبال رهبران غربی قرار گرفت.
جان کری، وزیر امورخارجه سابق ایالات متحده، در آن زمان گفته بود او برای فتوا، احترام زیادی قائل است و آن را به عنوان یک نقطه شروع خوب در نظر می‌گیرد. او گفته بود خودش و باراک اوباما، رییس جمهوری پیشین آمریکا، قویا از صدور این فتوا از سوی خامنه‌ای استقبال می‌کنند.
همچنین در جریان مصاحبه‌هایی که مذاکره کنندگان جمهوری اسلامی داشتند، آنها بارها برای رفع اتهام تلاش جمهوری اسلامی برای استفاده نظامی از انرژی هسته‌ای از این فتوای خامنه‌ای یاد کرده بودند.
محمدجواد ظریف و همکارانش در کتابی شش جلدی به نام «راز سر به مهر» درباره مذاکرات اتمی، به صورت خاص به این فتوا و نقش آن در مذاکراتشان پرداختند.
بهمن ماه سال ۱۳۹۹، محمود علوی، وزیر اطلاعات دولت حسن روحانی در یک برنامه تلویزیونی، گفت: «مقام رهبری[علی خامنه‌ای] فتوا داده است که سلاح هسته‌ای حرام است اما اگر گربه را در گوشه‌ای گیر بیندازند، ممکن است رفتارش با وقتی که گربه آزاد است فرق کند و اگر ایران را به آن سمت هل بدهند دیگر تقصیر ایران نیست.»